১২০৪ সালে বখতিয়ার খিলজি অশ্ব বিক্রেতার বেশে অতর্কিতে লক্ষ্মণ সেনের রাজধানী নদীয়া আক্রমণ করলে লক্ষ্মণ সেন পলায়ন করে এবং বখতিয়ার খিলজি বাংলায় মুসলিম শাসনের সূত্রপাত ঘটান।

সুলতানী আমলে (১৩৩৮-১৩৫২) খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত বাংলার রাজধানী ছিল সোনারাগাঁও আর (১৪১৮-১৫৬৫) খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত বাংলার রাজধানী ছিল গৌড়।

গৌড়ের সোনা মসজিদ নির্মিত হয় হোসেন শাহ-এর আমলে। তার পুরো নাম আলাউদ্দিন হোসেন শাহ। তিনি হোসেন শাহী বংশের শাসক ছিলেন।

মধ্যযুগীয় বাংলার সুলতানদের মধ্যে এক বিশিষ্ট স্থানের অধিকারী ইলিয়াস শাহী বংশের প্রতিষ্ঠাতা শামসুদ্দীন ইলিয়াস শাহ বাংলার স্বাধীন সালতানাতকে সুদৃঢ় করেন। জাতি গঠনকারী হিসেবে ইলিয়াস শাহ-ই প্রথম যিনি সাতগাঁও, লখনৌতি ও সোনারগাঁ অঞ্চলকে একত্রিত করে স্বাধীন সালতানাত প্রতিষ্ঠা করেন। তিনি এ সম্মিলিত রাজ্যের নামকরণ করেন বাঙ্গালাহ এবং এর অধিবাসীদের অভিহিত করেন বাঙালি নামে।

মুঘল সম্রাট হুমায়ূন বাংলার নাম দেন ‘জান্নাতাবাদ’। বাবরের মৃত্যুর পর জ্যেষ্ঠপুত্র হুমায়ূন সিংহাসনে আরোহণ করেন।

সম্রাট জাহাঙ্গীর সিংহাসনে আরোহণ করে ইসলাম খান চিশতীকে বাংলা অধিকারে প্রেরণ করেন। ইসলাম খান ১৬১০ সালে মুসা খানকে পরাজিত করে বাংলা অধিকার করেন এবং ঢাকার নামকরণ করেন ‘জাহাঙ্গীরনগর’। তিনি এ সময় রাজমহল থেকে ঢাকায় রাজধানী স্থানান্তর করেন। উল্লেখ্য, ঢাকাকে ১৬১০ সালের পর ১৯০৫ সালে দ্বিতীয় বার, ১৯৪৭ সালে তৃতীয় বার ও ১৯৭১ সালে চতুর্থ বার রাজধানী করা হয়।

১৫২৬ খ্রিস্টাব্দে পানিপথের প্রথম যুদ্ধে মুঘল সম্রাট বাবরের কাছে ইব্রাহিম লোদীর পরাজয়ের মাধ্যমে দিল্লীর সুলতানি শাসনের অবসান হয়।

বাংলাদেশে মুসলিম শাসনের সূত্রপাত করেন ইখতিয়ার উদ্দিন মুহম্মদ বখতিয়ার খলজি। তিনি ১২০৪ সালে সেন বংশের রাজা লক্ষণ সেনকে পরাজিত করে বাংলা দখল করেন। এরপর থেকে বাংলায় মুসলিম শাসনের সূচনা হয়।

বাংলায় 'স্বাধীন সুলতানী' শাসনের প্রতিষ্ঠাতা হিসেবে সাধারণত ফখরুদ্দীন মোবারক শাহ-কে ধরা হয়। তিনি ১৩৩৮ সালে দিল্লীর সুলতানী শাসনের দুর্বলতার সুযোগ নিয়ে সোনারগাঁওয়ে স্বাধীন সুলতানী প্রতিষ্ঠা করেন।